Большинство параметров GNOME и стандартных программ для этого графического окружения пользователя настраиваются через стандартный Редактор конфигурации gconf-editor. По умолчанию он не доступен из меню, для его включения необходимо запустить программу редактирования стандартного меню GNOME и поставить галочку напротив Редактора конфигурации в разделе Приложения→Системные.

Кроме того, существует написанная специально для Ubuntu утилита редактирования скрытых настроек системы Ubuntu Tweak, позволяющая легко настраивать некоторые вещи, например: привязки программного обеспечения к типам файлов.