- Допустим,есть две директории gnome-screensaver и gnome-screensaver.org ( в папке gnome-screensaver.org -оригинальный исходный код)внутри ~/src,заходим в каждую из них и удаляем всё лишнее:

make clean
make distclean

- Затем переходим в ~/src и вводим команду:

diff -Naur ./gnome-screensaver.org ./gnome-screensaver >./patch

- Теперь,чтобы установить патч,нужно запустить:

patch -p0 <./patch

- Только не забудьте что патчиться будет каталог ./gnome-screensaver !Здесь главное,на что нужно обратить внимание-это знак перенаправления < и -p ,подробнее тут http://ru.gentoo-wiki.com/wiki/HOWTO_diff_and_patch без перенаправления < программа patch будет спрашивать какой файл патчить.Второй вариант использовать ключь -i в место перенаправления <,т.е.

patch -p0 -i ./patch

Ветка с обсуждением данной темы http://forum.ubuntu.ru/index.php?topic=2158.0