Добавлять собственные пункты в контекстное меню Nautilus можно с помощью программы «Настройка действий в Nautilus». Для этого вам потребуется установить пакет Nautilus-actions через Менеджер пакетов Synaptic или командой:
sudo apt-get install nautilus-actions
После установки программа появится в меню Система→Параметры→Настройка действий в Nautilus.

Возможно вам придётся перезапустить X-сервер или перезагрузить компьютер, чтобы новые пункты появились в меню.