Изредка случается, что после попытки редактирования пропадает меню Приложения (Applications), при этом если запустить редактор меню из терминала (команда: alacarte) то получится весьма длинный вывод с сообщением об ошибке.

Это происходит из-за сбоя в файле настроек, для устранения проблемы надо всего лишь удалить пользовательский файл с описанием пунктов меню.

Выполните в терминале команду:

rm -f ~/.config/menus/applications.menu

Если из-за пропавшего меню у Вас нет другой возможности открыть терминал, нажмите Alt+F2 для вызова диалога быстрого запуска программ и выполните команду gnome-terminal для открытия терминала.

Либо найдите с помощью любого файлового менеджера в своей домашней директории файл .config/menus/applications.menu и удалите его (вам потребуется включить отображение скрытых файлов чтобы попасть в папку .config).

Кстати, в папке .config/menus могут лежать файлы вида applications.menu.undo-* - это автоматически создаваемые резервные копии. Выберите наиболее новый по дате создания и замените applications.menu им. например, так:
cp ~/.config/menus/applications.menu{.undo-12,}