В контекстное меню файлового менеджера можно добавить новый пункт, «Открыть как администратор», позволяющий открывать выбранный файл или папку с правами суперпользователя. Для этого установите пакет nautilus-gksu
через Synaptic или командой
sudo aptitude install nautilus-gksu
Возможно вам придётся перезапустить X-сервер или перезагрузить компьютер, чтобы новые пункты появились в меню.