При монтировании разделов или подключении некоторых USB устройств (например: флэшка или mp3-плеер) их значки автоматически появляются на рабочем столе, если Вы не хотите что бы они отображались необходимо воспользоваться редактором конфигурации рабочего окружения GNOME.
Вы можете увидеть в правой панели параметр volumes_visible, который и отвечает за отображение пиктограмм подключенных устройств. Снимите галочку с данной опции. Изменения должны вступить в силу немедленно и иконки с рабочего стола исчезнут.
Что бы сократить время всё вышеописанное можно сделать используя терминал и команду:
sudo gconftool-2 --set "/apps/nautilus/desktop/volumes_visible" --type bool "false"
Так же для удаления иконок с рабочего стола Вы можете использовать приложение Ubuntu Tweak. Для изменения настроек отображения значков на рабочем столе выберете в главном меню «Рабочий стол→Иконки». Затем в правой части программы напротив пункта «Показывать примонтированные устройства на рабочем столе» снимите галочку.
